11. LETNÍ ŠKOLA Matematické biologie

Program 11. letní školy matematické biologie

Poznámka: v rámci jednotlivých bloků se budou konat i přestávky na kávu.

Středa 16. 9. 2015

8:00-8:30 Registrace v IBA MU na Kamenici 126/3 , 6. patro

8:30-9:00 Úvodní slovo a představení témat 11. ročníku letní školy

Prof. RNDr. Jiří Hřebíček, CSc.

9:00-12:00 Databázové systémy

RNDr. Daniel Klimeš, Ph.D.

V rámci úvodního bloku se podíváme na možnosti zpracování dat v relační databázi. Pracovat budeme primárně se systémem PostgreSQL, pro srovnání zabrousíme ukázkami i k systému ORACLE. Na programu bude import dat z textových souborů, čištění dat pomocí UPDATE a DELETE příkazů a vestavěných funkcí, základy skriptování v databázích a možnosti export datu do statistického software. Vše bude formou praktických příkladů.

12:00-13:00 Oběd

13:00-18:00 Předzpracování dat v systému R

Mgr. Eva Budinská, Ph.D., Mgr. et Mgr. Jiří Kalina

V tomto bloku přijde řada na software R a jeho využití při úvodním zpracování dat. Bude představen přehled základních datových typů v R (factor, character, numeric × value, vector, list, matrix, data.frame), způsob vypořádání se s chybějící hodnotou (Na, NaN, NULL, Inf), ukládání dat ve formátu rda, rds. Probírat se bude import dat do R a nejčastější záludnosti, které s ním souvisí. Na příkladech si vyzkoušíme spojování a provazování různých datových zdrojů. Ve finále budou představeny možnosti vizualizace dat, které systém R nabízí.

18:00 Večeře


Čtvrtek 17. 9. 2015

9:00-12:00 Dostupné nástroje a metodiky pro získávání, předzpracování a vizualizaci dat

RNDr. Miroslav Kubásek, Ph.D.

Seminář bude zaměřen na nástroje a techniky vhodné pro dolování dat, představíme si, v jakých možných formátech můžeme data získat a jak je strojově zpracovat. Dále se seznámíme s API (zkratka pro Application Programming Interface), na které můžete v souvislosti se získáváním dat narazit, a představíme si, co to jsou otevřená data. V praktické části se seznámíme s nástrojem OpenRefine a prakticky si vyzkoušíme import, vyčištění a export dat. Poté si ukážeme nástroje, které umožní rychlou vizualizaci vyexportovaných dat, a naprogramujeme si jednoduchou webovou aplikaci, která bude umožňovat interaktivní vizualizaci dat.

12:00-13:00 Oběd

14:00-18:00 Studentská soutěž o ceny

Praktický úkol zpracování surových dat libovolnou technikou. Úkol pro 1- až 3členné skupiny, rozhoduje čas, kvalita a originalita řešení.

18:00 Společenský večer na střeše budovy IBA MU,v případě nepříznivého počasí v 6. poschodí v prostorách IBA MU


Pátek 18. 9. 2015

9:00-11:35 Studentská soutěž – prezentace řešení

RNDr. Daniel Klimeš, Ph.D., RNDr. Miroslav Kubásek, Ph.D., Mgr. Eva Budinská, Ph.D., Mgr. et Mgr. Jiří Kalina

Vyhodnocení soutěže, představení možných řešení soutěžního úkolu. Společná diskuze.

11:35-12:00 Studentská soutěž – vyhlášení a ocenění nejlepších řešení studentů

Prof. RNDr. Jiří Hřebíček, CSc.

12:00 Oběd