Výzkum a projektyVýzkumné skupiny IBA MU

Výzkumné skupiny IBA MU Bioinformatika v translačním výzkumu

Vedoucí výzkumné skupiny Vedoucí výzkumné skupiny: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Skupina bionformatiky v translačním výzkumu Institutu biostatistiky a analýz MU se věnuje analýze vysokohustotních genomických a proteomických dat (mikročipy, sekvenování nové generace - NGS, hmotnostní spektrometrie atd.), a to zejména v oblasti translačního výzkumu.


Vedoucí výzkumné skupiny:

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Kontakt: budinska@iba.muni.cz

Skupinu tvoří experti zaměření na biologii, matematiku, programování a analýzu dat současně. Hlavní oblasti výzkumu tvoří:

  • aplikovaná analýza v translačním výzkumu v onkologii (hledání molekulárních podtypů, prediktivní a prognostické modely, pathway analýza, analýza odlišně exprimovaných genů a proteinů, …)
  • vývoj metod a nástrojů pro analýzu komplexních dat z vysokohustotních molekulárních experimentů
  • nástroje pro analýzu dat ze sekvenování nové generace (NGS)

Bližší informace (v angličtině) najdete na http://btr.iba.muni.cz.

Přehled projektů

  • Integrative development of multimodal risk score for the estimate of relapse in patients with breast carcinoma (Internal Grant Agency of Ministry of Health, Czech Republic IGA MZ ČZ NT / 14134)
  • MErCuRIC - A phase Ib/II study of MEK1/2 inhibitor PD-0325901 with cMET inhibitor PF-02341066 in KRASMT and KRASWT (with aberrant c-MET) colorectal cancer, Project ID: 602901, Funding: EU FP7

Členství / aktivity v mezinárodních organizacích

Konsorcium EuroPDX

  • Sdílení xenotransplantátů odvozených od nádorů pacientů v kolaborativních výzkumných projektech a v multicentrických preklinických studiích
  • Funkce v projektu: Vedoucí skupiny bio-info-statistiky
  • http://www.europdx.eu/

Vybrané publikace

  • Hidalgo M, Amant F, Biankin AV, Budinská E, Byrne AT, Caldas C, Clarke RB, de Jong S, Jonkers J, Mælandsmo GM, Roman-Roman S, Seoane J, Trusolino L, Villanueva A. Patient-derived xenograft models: an emerging platform for translational cancer research. Cancer Discov 2014, 4(9): 998–1013. doi: 10.1158/2159-8290.CD-14-0001.
  • Belmont PJ, Budinska E, Jiang P, Sinnamon MJ, Coffee E, Roper J, Xie T, Rejto PA, Derkits S, Sansom OJ, Delorenzi M, Tejpar S, Hung KE, Martin ES. Cross-species analysis of genetically engineered mouse models of MAPK-driven colorectal cancer identifies hallmarks of the human disease. Dis Model Mech 2014, 7(6): 613–623. doi: 10.1242/dmm.013904.
  • Budinska E, Popovici V, Tejpar S, D'Ario G, Lapique N, Sikora KO, Di Narzo AF, Yan P, Hodgson JG, Weinrich S, Bosman F, Roth A, Delorenzi M. Gene expression patterns unveil a new level of molecular heterogeneity in colorectal cancer. J Pathol 2013, 231(1): 63–76. doi: 10.1002/path.4212.
  • Popovici V, Budinska E, Bosman FT, Tejpar S, Roth AD, Delorenzi M. Context-dependent interpretation of the prognostic value of BRAF and KRAS mutations in colorectal cancer. BMC Cancer 2013, 13: 439. doi: 10.1186/1471-2407-13-439.
  • Budinska E, Gelnarova E, Schimek MG. MSMAD: a computationally efficient method for the analysis of noisy array CGH data. Bioinformatics 2009, 25(6): 703–713. doi: 10.1093/bioinformatics/btp022.

Naše metody a software

  • metoda detekce bodů zlomu v datech arrayCGH - MSMAD
  • R-balík pro metaanalýzu mikročipových experimentů - MAMA
  • R-balík pro topologickou pathway analýzu genových expresních dat z mikročipů a RNA-seq - ToPASeq
  • R-balík TopKLists pro analýzu seřazených listů

 


Zpět