Teachers Eva Budinská, Ph.D.
- statistical analysis of data
- analysis of micro-array data
- analysis of data from genomic and proteomic experiments
- teaching activities
Publications:
Chapters in books
Budinská, E., Schimek, M.G.: State of the art in the analysis of data from arrayCGH experiments, Dušek L., Haruštiaková D., Martínková N. (eds.): Proceedings of the 4th International Summer School on Computational Biology 2008 ISBN 978-80-210-4793-8
Original papers in foreign journals
Anghel, S., Correa-Rochal, R., Budinská, E., Boliganl, K. F., Abraham, S., Colombetti, S., Fontao, L., Mariotti, A., Rimoldi, D., Ghanem, G. E., Fisher, D. E., Lévy, F., Delorenzi, M., Piguet, V.: Breast cancer suppressor candidate-1 (BCSC-1) is a melanoma tumor suppressor that down regulates MITF. Pigment Cell & Melanoma Research 2012, 25 (4): 482-487
Bouchal, P., Struhárová, I., Budinská, E., Šedo, O., Vyhlídalová, T., Zdráhal, Z., van Spanning, R., Kučera, I.: Unraveling an FNR based regulatory circuit in Paracoccus denitrificans using a proteomics-based approach. Biochimica et Biophysica Acta 2010, 1804 (6): 1350-1358
Brožková, K., Budinská, E., Bouchal, P., Hernychová, L., Knoflíčková, D., Valík, D., Vyzula, R., Vojtěšek, B, Nenutil, R.: Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight proteomic profiling of breast carcinomas identifies clinicopathologically relevant groups of patients similar to previously defined clusters from cDNA expression. Breast Cancer Research 2008, 10 (3): R48
Budinská, E., Gelnarová, E., Schimek, M.G.: MSMAD: a computationally efficient method for the analysis of noisy array CGH data. Bioinformatics 2009, 25 (6): 703-713
Greplová, K., Pilný, R., Budinská, E., Dubská, L., Lakomý, R., Vyzula, R., Vojtěšek, B., Valík, D.: When one chip is not enough: Augmenting the validity of SELDI-TOF proteomic profiles of clinical specimens. Lab on a Chip 2009, 9: 1014 - 1017
Matiašovicová, J., Adams, P., Barrow, P.A., Hradecká, H., Malcová, M., Karpíšková, R., Budinská, E., Pilousová, L., Rychlík, I.: Identification of putative ancestors of the multidrug-resistant Salmonella enterica serovar typhimurium DT104 clone harboring the Salmonella genomic island 1. Archives of Microbiology 2007, 187 (5): 415-424
Picard, F., Lebarbier, E., Budinská, E., Robin, S.: Joint segmentation of multivariate Gaussian processes using mixed linear models. Computational Statistics & Data Analysis 2011, 55 (2): 1160-1170
Popovici, V., Budinská, E., Delorenzi, M.: Rgtsp: a generalized top scoring pairs package for class prediction. Bioinformatics 2011, 27 (12): 1729-1730
Schimek, M., Myšičková, A., Budinská, E.: An inference and integration approach for the consolidation of ranked lists. Communications in Statistics - Simulation and Computation 2012, 41 (7): 1152-1166
Šebková, A., Karasová, D., Crhánová, M., Budinská, E., Rychlík, I.: aro mutations in Salmonella enterica cause defects in cell wall and outer membrane integrity. Journal of Bacteriology 2008, 190 (9): 3155-3160
Vašíková, A., Beličková, M., Budinská, E., Čermák, J.: A distinct expression of various gene subsets in CD34+ cells from patients with early and advanced myelodysplastic syndrome. Leukemia Research 2010, 34 (12): 1566-1572
Vranová, V., Nečesalová, E., Kuglík, P., Cejpek, P., Pešáková, M., Budinská, E., Relichová, J., Veselská, R.: Screening of genomic imbalances in glioblastoma multiforme using high-resolution comparative genomic hybridization. Oncology Reports 2007, 17 (2): 457-464
Original papers in Czech journals
Budinská, E., Jarkovský, J.: Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays, Klinická onkologie 2006, 19 (Suppl. 2): 368-372
Vybíhal, V., Svoboda, T., Procházka, V., Benda, P., Hanoun, G., Smrčka, M., Kala, Z., Budinská, E., Bohatá, Š.: Srovnání laparotomické a laparoskopické techniky při implantaci peritoneální části shuntu v terapii hydrocefalu, Rozhledy v chirurgii 2012, 91 (6): 305-310
Zdražilová Dubská, L., Valík, D., Budinská, E., Frgala, T., Bačíková, L., Demlová, R.: NKT-like cells are expanded in solid tumour patients, Klinická onkologie 2012, 25 (Suppl. 2): 21-25
Meeting abstracts (ICI journals)
Bouchal, P., Bouchal, P., Struhárová, I., Budinská, E., Šedo, O., Vyhlídalová, T., Zdráhal, Z., van Spanning, R., Kučera, I.: The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools. FEBS Journal. Conference Information: 34th Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies 2009: 98
International conferences
Budinská, E.: Methods for array CGH data analysis, 1st International Summer School on Computational Biology 2005
Budinská, E.: Methods for array CGH data analysis, MEMICS 2005 - 1st Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science 2005
Budinská, E., Gelnarová, E.: A method for detecting breakpoints in array CGH data, 19th International Conference on Informatics for Environmental Protection (EnviroInfo 2005) 2005 ISBN 80-210-3780-6: 673-676
Budinská, E., Delorenzi, M., De Roock, W., Jacobs, B., Walker, S., Wilson, C., Davison, T., Kennedy, R.D., Tejpar, S.: New insights to gene expression signatures from primary FFPE tumors for the prediction of response to cetuximab in KRAS and BRAF wild-type colorectal cancer (CRC), 2010 ASCO Annual Meeting Proceedings (Post-Meeting Edition) / Journal of Clinical Oncology 2010, 28 (15_suppl): 3588
Budinská, E., Popovici, V., Delorenzi, M.: Unveiling heterogeneity of stage II and stage III colorectal cancer by defining molecular subtypes, 9th European Conference on Computational Biology 2010
Jakubcová, R., Foukal, J., Benda, K., Budinská, E., Moulis, M., Šálek, D.: Contrast-enhanced ultrasound of peripheral lymph nodes, European Congress of Radiology (ECR) 2010 2010
Lidman, P., Staníček, Z., Procházka, F., Dušek, L., Jarkovský, J., Budinská, E.: Rule-based systems: employing intelligent computer assistant in biomedicine and clinical practice, 1st International Summer School on Computational Biology 2005
Popovici, V., Budinska, E., Delorenzi, M.: Networks of generalized top scoring pairs for robust phenotype classification, 9th European Conference on Computational Biology 2010
Schimek, M., Budinská, E.: Visualization techniques for the integration of rank data, COMPSTAT 2010, 19th International Conference on Computational Statistics 2010
Tejpar, S., Popovici, V., Delorenzi, M., Budinská, E., Estrella, H., Mao, M., Weinrich, S., Yan, P., Van Cutsem, E., Roth, A.: Mutant KRAS and BRAF gene expression profiles in colorectal cancer. Results of the translational study on the PETACC 3-EORTC 40993-SAKK 60-00 trial, 12th World Congress on Gastrointestinal Cancer 2010
National conferences
Bouchal, P., Mudrochová, M., Bortlíček, Z., Roumeliotis, T., Budinská, E., Váňová, D., Hernychová, L., Struhárová, I., Hrstka, R., Müller, P., Scherl, A., Garbis, S.D., Nenutil, R., Vojtěšek, B.: Biomarker discovery in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach, 3rd joint meeting on the role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone system in tumour biology 2010 ISBN 978-80-86793-16: 37-38
Bouchal, P., Mudrochová, M., Budinská, E., Bortlíček, Z., Struhárová, I., Hernychová, L., Roumeliotis, T., Garbis, S.D., Hrstka, R., Müller, P., Nenutil, R., Vojtěšek, B.: Biomarkers of lymph node metastasis in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach, XII. Biochemický zjazd 2010 ISBN 978-80-88866-83: 50-51
Budinská, E., Jarkovský, J., Dušek, L.: CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 103-104
Budinská, E., Jarkovský, J., Dušek, L.: Úvod do analýzy a designu DNA microarrays, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 99-100
Budinská, E., Jarkovský, J., Lidman, P., Dušek, L.: Komplexní analýza údajů z genových expresních map: výzva onkologického výzkumu pro současnou analýzu dat, XXIX. Brněnské onkologické dny a XIX. Konference pro sestry a laboranty 2005 ISBN 80-86793-05-2
Budinská, E., Kuglík, P., Filková, H., Vranová, V., Slámová, I., Žežulková, D.: Metódy stanovenia deliacej hranice ("cutoff level") u I- FISH alebo trochu matematiky do cytogenetiky, 38. výroční konference cytogenetické sekce 2005
Budinská, E., Jarošová, M., Pospíšilová, H.: Pitfalls and quests of DNA microarray data analysis: case study on patiens with DLBCL lymphoma, Analytická cytometrie IV. 2007 ISBN 80-239-9591-6: 18
Jarkovský, J., Budinská, E., Dušek, L.: Analýza expresních microarrays: zjednodušení datové struktury, klasifikace a ordinace, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 105-106
Jarkovský, J., Pavlík, T., Budinská, E., Gelnarová, E., Kubošová, K.: Data mining ve výuce klinických a zdravotnických oborů, MEFANET 2007 2007 ISBN 978-80-210-4539-2: 211-213
Jarošová, M., Pospíšilová, H., Plachý, R., Budinská, E., Divoká, M., Holzerová, M., Lakomá, I., Papajík, T., Szotkowski, T., Pikalová, Z., Mihál, V., Indrák, K.: Výsledky studie ArrayCGH u nemocných s akutní leukemií s normálním karyotypem, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 110-111
Lidman, P., Staníček, Z., Procházka, F., Budinská, E., Jarkovský, J., Dušek, L.: Projekt EMIL (Effective Microarray IntelLigence): přínos metod umělé inteligence pro analýzu micoarrays, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 107-108
Matiašovicová, J., Hradecká, H., Adams, P., Barrow, P., Budinská,, E., Rychlík, I.: Microarray analýza genomu Salmonella enerica serovar Typhimurium, Analytická cytometrie III. 2005 ISBN 80-239-5155-6: 118
Pavlík, T., Budinská, E., Dušek, L., Jarkovský, J.: Robustní metody hodnocení genových expresních dat, Trendy v biomedicínském inženýrství 2007
Electronic peer-reviewed works, authorized software
Budinská, E., Bortlíček, Z.: E-learning in genomic and proteomic data analysis, http://telemedicina.med.muni.cz/genomic-proteomic-analysis/index-en.php?pg=home 2009
