EU ESF

Úvod do studia matematické biologie

Přehled přednášek

Název přednášky Přednášející Anotace
Úvodní představení oboru Matematická biologie | díl 2 | díl 3

Ladislav Dušek Postavení matematické biologie mezi přírodními vědami. Vysvětlení základních pojmů práce s daty, popisná statistika, analýza dat, deterministické a stochastické modelování modelování. Uplatnění matematického biologa, aplikace v biologických, environmentálních a lékařských vědách.
Hodnocení a modelování populačních dat na příkladu epidemiologie vážných chorob: I. Analýza dat,  princip predikcí. Tomáš Pavlík Incidence a prevalence jsou hlavní charakteristiky popisující vývoj počtu pacientů s nádorovým onemocněním v ČR. Z hlediska financí je však nutné tyto charakteristiky doplnit o odhad počtu pacientů, kteří budou v daném čase vyžadovat protinádorovou terapii. Cílem přednášky bude prezentovat nový model pro predikci počtu pacientů potenciálně léčených protinádorovou terapií, který vychází z populačních dat a respektuje klinické stadium onemocnění. Použitelnost modelu bude demonstrována na datech Národního onkologického registru ČR.
Metody zpracování a analýzy medicínských obrazových dat: možnosti využití v neurovědním výzkumu Daniel Schwarz - Eva Janoušová S rozmachem lékařských zobrazovacích modalit narůstá v posledních letech také význam nových metod analýzy obrazových dat v neurovědním výzkumu. Neurovědy jsou interdisciplinárním oborem, jenž spojuje poznatky z medicíny, psychologie, informatiky a statistiky a nabízí tak široké uplatnění pro studenty matematické biologie především při vytváření algoritmů pro registraci (lícování) multimodálních obrazových dat, segmentaci a klasifikaci tkání mozku či při tvorbě 3-D vizualizačních algoritmů.
Hodnocení a modelování populačních dat na příkladu epidemiologie vážných chorob: I. Epidemiologické analýzy, softwarové zpracování. Jan Mužík Nádorová onemocnění představují závažný zdravotní problém současné populace, zvláště s ohledem na stále rostoucí počty nově diagnostikovaných pacientů ročně. Hodnocení populačních epidemiologických dat je velmi důležitou součástí při získávání znalostí o situaci a trendech v této oblasti a díky dostupnosti celopopulačních dlouhodobě sbíraných dat představuje epidemiologie nádorů ideální modelový příklad na demonstraci používaných metod a způsobů jejich použití. Představeny metody hodnocení zátěže populace tímto typem onemocnění a postupy používané ve validaci a stratifikaci dat pro jejich další využití v populačním modelování a hodnocení přežití.
Hodnocení průběhu a populačního dopadu preventivních programů ve zdravotnictví, úvod do aplikací souvisejících se standardizací léčebné péče. Ondřej Májek Screeningové programy zhoubných nádorových onemocnění představují účinný nástroj pro snižování mortality a incidence některých zhoubných nádorových onemocnění. V České republice probíhají, v souladu s doporučením Rady Evropské unie, organizované screeningové programy nádorů prsu, tlustého střeva a konečníku a děložního hrdla. Nezbytnou součástí organizovaných screeningových programů je pečlivý monitoring prostřednictvím datového auditu a zároveň hodnocení populačního dopadu programu prostřednictvím pečlivé analýzy dat o epidemiologii zhoubných nádorů. Statistická analýza výsledků programu zahrnuje modelování dynamiky epidemiologických parametrů (incidence, prevalence, přežití) a diskuzi vlivu probíhajícího preventivního programu, monitoring kvality preventivních programů, hodnocení populačního pokrytí a stochastickou validaci indikátorů kvality populačních programů screeningu.
Hodnocení ekologických rizik – výzva matematické biologii Jiří Jarkovský Metodika hodnocení ekologických rizik je obecným nástrojem pro analýzu vlivu podmínek životního prostředí na živé organismy včetně člověka. Z hlediska matematické biologie jde o oblast s celou řadou výzev od designu experimentů a vzorkovacích plánů, přes prostorové modelování, analýzu časových řad, obecné stochastické i deterministické modelu závislosti látek a organismů na prostředí až po specializované analýzy biodiverzity a dose-response modely.    
Prediktivní modelování environmentálních dat Klára Kubošová V oblasti environmentálních věd má stochastické modelování nezastupitelné místo při popisu stavu životního prostředí, modelování obsahu a časových změn environmentálních stresorů a v analýze biodiverzity a struktury biologických společenstev.
Environmentální informační systémy, webové portály Miroslav Kubásek Obecné principy vývoje informačních systémů, definice environmentálních informací a jejich vliv na návrh a provoz environmentálních informačních systémů se zaměřením na webové informační systémy. Přehled nástrojů a programovacích jazyků používaných pro vývoj webových portálů a základní postupy při jejich tvorbě.
Analýza molekulárních dat v biologickém výzkumu a klinické praxi Eva Budinská Analýza dat produkovaných moderními „high density“ genomickými a proteomickými technologiemi jako jsou microarrays, SELDI-TOF, 2D-gelová elektroforéza apod. Principy analýzy dat první úrovně a to analýzy obrazu, normalizace a kontroly kvality, specifické metody pro následnou statistickou analýzu dat druhé úrovně, meta-analýza a biologická interpretace v oblasti genových regulačních sítí.
Analýza sekvencí DNA Natalia Martínková V současnosti je asi 5 % veškerých nových informací, které se objevují na internetu, tvořeno sekvencemi DNA. Zpracování hrubé sekvence zahrnuje sestavení contigů, sjednocení polymorfismu a anotaci sekvence. Anotovaná sekvence ve veřejných databázích může být následně využita pro analýzu neznámých sekvencí, jejich pravděpodobnou identifikaci, případně určení jejich funkce na základě podobnosti se známými sekvencemi formou fylogenetické rekonstrukce. Vzájemné porovnání sekvencí umožňuje nalezení mutací a identifikaci jejich dopadu ve formě geneticky podmíněných nemocí.

 

Nahoru
brand